在面临专利侵权的情况时，初创企业必须慎重地收集和准备相关证据，要确保能够有效地维护自己的合法权益，对于专利侵权的认定通常需要确证两大要素：一是原告享有相应的专利权或专利许可使用权；二是被告实施了侵权行为，针对此问题，初创企业应当从以下方面收集和整理证据：
1、证明权利归属：企业应提交专利证书、权利要求书、说明书以及最新的专利年费交纳凭证来证实其对专利的所有权或使用权。
2、证明使用情况：对于实用新型专利权诉讼，需要国务院专利行政部门出具的检索报告。
3、证明利害关系：如果有利害关系人提起诉讼，需要提交专利实施许可合同在专利行政部门备案的证明材料，如果利害关系人未经备案，要提交专利权人的证明或享有权利的其他证据。
4、证明继承权利：若专利财产权利的继承人起诉，需提交已经开始或完成继承的证据材料。
5、证明侵权行为：需要提供被控侵权产品及其销售发票、专利与被控侵权产品的技术特征对比等证据来证明侵权行为的存在。
6、证明赔偿权利：原告需提交能证明其提出的赔偿数额的证据，如因被侵权所受到的损失或者侵权人因侵权所获得的利益的证据。
7、证明侵权者情况：收集有关侵权者情况的证据，如侵权者的身份、经营情况等。
8、证明实际损害：涉及侵权行为造成实际损害的证明，如销售收入下降、市场份额丧失等。
9、证明损害赔偿：有关损害赔偿的证据，包括但不限于因侵权行为而导致的直接经济损失、律师费用、诉讼费用等。
在专利侵权案件中，证据的质量往往比数量更重要，证据要尽可能清晰、具体，并且与案件直接相关，以下的特例情况也需要留意：
– 对于独占实施许可合同的被许可人，可以单独向人民法院起诉。
– 排他实施许可合同的被许可人可以和专利权人共同起诉，或者在专利权人不起诉的情况下自行提起诉讼，但需要提交专利权人已知有侵权行为发生而明示放弃起诉或不起诉的证明材料。
初创企业在遇到专利侵权时，需要集中收集上述证据，并保证每项证据的真实性和合法性，这些证据不但可以用于在法庭上支持企业的诉讼请求，还可以用来在诉讼前通过和解等方式解决争议，收集证据的过程中，考虑到知识产权诉讼案件的复杂性和证据种类的繁杂性，建议在专业人士的指导下进行，以确保应对专利侵权的过程更加高效和有效。
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