商标注册协议未报工商总局备案的情况下，根据《商标法》的规定，许可人或者被许可人所在地的工商行政管理机关会责令限期改正，如果拒不改正的话，将处以一万元以下的罚款，直至报请商标局撤销该注册商标。
值得注意的是，商标注册协议本身并没有规定要进行备案，商标注册协议只是商标注册人与代理人之间签订的协议，只对双方有效，根据《商标法实施条例》第六十九条规定，许可他人使用其注册商标的，许可人应当在许可合同有效期内向国家知识产权局备案并报送备案材料。
如果您是商标注册人并且许可他人使用您的注册商标，建议您按照规定向国家知识产权局备案并报送备案材料，以避免可能的法律风险和处罚，如果您不确定具体情况或需要专业法律建议，建议您咨询专业律师。
以下是一个关于“商标注册协议未报工商总局备案有何处罚”的介绍：
| 序号 | 处罚措施 | 法律依据 |
| 1 | 无特定行政处罚 | 商标注册协议没有规定要进行备案，商标注册协议只是商标注册人与代理人之间签订的协议，只对双方有效，未报备的商标注册协议通常不会受到特定的行政处罚。 |
| 2 | 无法取得商标专用权 | 若商标注册协议未在规定时间内报备，可能导致商标注册申请人无法在核定使用范围之外的商品上取得商标专用权，这是因为未报备的协议无法证明商标使用范围及许可关系。 |
| 3 | 影响商标许可使用效力 | 商标许可使用协议未报备的，可能影响许可使用的效力，被许可人在使用商标时，如果遇到争议或纠纷，可能因许可协议未报备而处于不利地位。 |
| 4 | 商标局要求补正 | 在商标注册申请过程中，若商标局发现商标注册协议未报备，可能会要求申请人在规定时间内补正，逾期未补正的，商标局可以驳回商标注册申请。 |
需要注意的是，虽然未报备商标注册协议通常不会受到特定的行政处罚，但在实际操作中，可能影响商标注册申请的进度和效力，建议申请人在签订商标注册协议后及时向工商总局备案。
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