注册商标使用许可合同存查程序是指商标注册人许可他人使用其注册商标时，双方签订商标使用许可合同后，需要在规定时间内将合同副本提交给相关机构进行存查和备案，具体程序如下：
1、许可人和被许可人在商标使用许可合同签订之日起三个月内，需要将许可合同副本分别送交工商局商标处存查，并由许可人报送国家工商总局商标局备案。
2、申请商标使用许可合同存查时，应当提供以下书件：
– 商标使用许可合同副本；
– 许可使用商标的注册证复印件；
– 双方的营业证明或身份证明。
3、对于特定类型的商标使用许可合同，还需要附送相关证明文件，人用药品商标使用许可合同存查，应当同时附送被许可人取得的卫生行政管理部门的有效证明文件；卷烟、雪茄烟和有包装烟丝的商标使用许可合同存查，应当同时附送被许可人取得的国家烟草主管部门批准生产的有效证明文件，外文书件应当同时附送中文译本。
4、商标注册人在许可他人使用时，应当监督被许可人使用其注册商标的商品质量，并确保被许可人在商品上表明被许可人的名称和商品产地。
这一程序旨在加强对商标使用许可合同的管理，规范商标使用许可行为，保护消费者权益和社会公共利益。
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