商标侵权的管辖部门是工商行政管理部门，根据《中华人民共和国商标法》第六十条规定，有本法第五十七条所列侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理 。
| 管辖部门 | 适用情况 |
| 工商行政管理部门 | 一般商标侵权纠纷处理，认定侵权行为成立，责令停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和工具，并处以罚款 |
| 人民法院 | 商标侵权纠纷的民事诉讼；涉及驰名商标保护的民事、行政案件；商标权权属或者侵害商标专用权民事诉讼 |
| 北京市有关中级人民法院 | 不服商标评审委员会作出的复审决定或者裁定的行政案件；不服商标局作出的有关商标的具体行政行为案件 |
| 中级以上人民法院及指定的基层人民法院 | 第一审商标民事案件；涉及诉前停止侵权和保全案件；商标专用权转让合同纠纷案件；商标许可使用合同纠纷案件；商标专用权权属纠纷案件 |
| 被告所在地中级人民法院 | 不服工商行政管理部门作出的有关商标的具体行政行为的案件；商标专用权权属纠纷案件 |
| 侵权行为实施地、侵权商品储藏地或查封扣押地、被告住所地中级人民法院 | 侵犯商标专用权的案件；申请诉前停止侵权和保全案件 |
这个介绍概括了商标侵权案件在不同情况下的管辖部门，以便于您了解和参考，具体案件管辖还需根据实际情况和相关法律法规确定。
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