在法院审理商标纠纷案件中，对于假冒注册商标的商品和工具，通常会按照以下情形进行处理：
1、应权利人请求，对属于假冒注册商标的商品，除特殊情况外，法院会责令其销毁。
2、对于主要用于制造假冒注册商标的商品的材料和工具，法院会责令其销毁，并且不予补偿，在某些特殊情况下，还可以责令禁止这些材料和工具进入商业渠道，同样不予补偿。
根据《中华人民共和国商标法》第六十三条，侵犯商标专用权的赔偿数额，按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定，如果实际损失难以确定，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定，当权利人的损失或侵权人获得的利益难以确定时，可以参考该商标的许可使用费的倍数来确定赔偿数额，对于恶意侵犯商标专用权且情节严重的情况，赔偿数额可以在按照上述方法确定的数额的一倍以上五倍以下确定。
值得注意的是，不同的商标使用许可合同中的被许可人在发生注册商标专用权被侵害时，具有不同的诉讼权利，独占使用许可合同的被许可人可以直接向人民法院提起诉讼；排他使用许可合同的被许可人则可以选择与商标注册人共同起诉，或者在商标注册人不起诉的情况下自行提起诉讼。
| 处理措施 | 适用情况 |
| 查封、扣押、冻结 | 在案件调查阶段，对涉嫌假冒注册商标的商品、生产工具、原材料等进行查封、扣押、冻结，以防止侵权行为继续发生 |
| 没收 | 法院判决生效后，对假冒注册商标的商品、生产工具、原材料等予以没收，消除侵权源头 |
| 销毁 | 对没收的假冒注册商标的商品、生产工具、原材料等进行销毁，防止再次流入市场 |
| 罚款 | 对侵权企业或个人处以一定数额的罚款，以示惩戒 |
| 刑事处罚 | 对侵权行为严重的企业或个人，依法追究刑事责任，如假冒注册商标罪、销售假冒注册商标的商品罪等 |
| 赔偿损失 | 被侵权方向法院提起诉讼，要求侵权方赔偿因侵权行为所造成的经济损失 |
| 停止侵权行为 | 法院判决侵权方立即停止侵权行为，不得再使用、销售、生产假冒注册商标的商品 |
| 赔礼道歉 | 在一定范围内公开赔礼道歉，消除侵权行为对被侵权方商誉的影响 |
| 消除影响 | 侵权方需采取措施消除侵权行为对被侵权方市场声誉、品牌形象等方面的影响 |
请注意，具体的处理措施会根据案件具体情况和法院判决来确定，介绍仅供参考。
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